Opis podstawowych i najważniejszych funkcjonalności wbudowanych w Moodle:
1. Tworzenie prezentacji w postaci stron internetowych.
2. Zamieszczanie materiałów edukacyjnych w postaci plików, np. pdf, doc, pps.
3. Sprawdzanie wiedzy poprzez wykonywanie testów oraz zadań domowych.
4. Komunikacja z użytkownikami poprzez czaty, fora dyskusyjne oraz wbudowany komunikator.
5. Nadawanie uprawnień użytkownikom w ramach kursów oraz grup.
Ponadto Moodle umożliwia m. in.:
1. Tworzenie interaktywnych lekcji o mniej lub bardziej skomplikowanej strukturze (np. w zależności od stopnia zaawansowania użytkownika wybierane są odpowiednie treści).
2. Przeprowadzanie ankiet.
3. Prowadzenie blogów.
4. Prowadzenie videokonferencji.
5. Pracę grupową - wiki, warsztaty.
6. Zamieszczenie pakietu SCORM utworzonego w ramach specjalnego oprogramowania do tworzenia kursów, np. EXE (http://exelearning.org)
Zapisy na poszczególne kursy Moodle mogą odbywać się różnie w zależności od przyjętych założeń dotyczących dostępu do kursów oraz prowadzonej metodzie autoryzacji. Można również umożliwić użytkowników tworzenie kont w systemach o bardziej otwartej treści. Tam gdzie społeczność użytkowników jest bardziej zamknięta (uczelnie, szkoły, firmy) taka możliwość nie jest wskazana.